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对项目部承担的受托研发项目的财税影响从以下三方面进行分析。
(1)现状分析
目前，施工企业普遍存在集团公司立项，由子公司项目部负责研发的项目，集团委托子公司进行研发时，子公司受托研发费用在“合同成本”科目核算，“营改增”后，研究开发费属于研发和技术的范畴，其适用的增值税税率为6%，理论上子公司向集团公司提供研发服务应开具6%的研发费发票，但实际执行过程中集团公司与子公司之间并未签订单独的委托研发合同，而是将此部分研发费是在工程计价中分离出来的，其属于建筑工程整体的一部分，可能会要求按照建筑业11%税率开票。
(2)影响分析
①现有研发模式存在问题及影响
集团公司对子公司的委托研发的影响，营改增后主要考虑合同签订方式及价款结算方式，是含在验工计价中还是单独签订委托研发合同，前者税率为11%，后者税率为6%，同时要考虑对城建税、教育费附加等附加税费及印花税的影响。
②研发主体的影响
从研发的计划、立项、报批、人员配备、会计核算、费用归集等各个环节应统一在同一个法人主体内部，避免两个不同的法人主体不能扣除研发费用风险。
③会计核算影响
研发费加计扣除需专门设置账务核算，单独归集研发费用，所取得所有发票均应为同一法人主体，避免实际发生了成本费用不能税前扣除风险。
④成本结构的影响
建筑业“营改增”后研发活动属于增值税应税服务，税率为6%，因此用于研发的购入材料、固定资产、无形资产等可以抵扣进项税额，分离后的价款计入研发费用进行加计扣除;而研发费占比较大的人工费等支出不能抵扣进项税额。因此需要权衡考虑在研发费总额不变的情况下八大成本项目结构比重，还要考虑购入的材料等是直接抵扣进项税额还是含在成本里计入加计扣除基数哪种方式更合理。
(3)建议
①确定集团公司与子公司之间研发费用的结算方式
“营改增”后要根据税法、建筑法、企业的经营管理等方面权衡考虑，决定采用哪种研发费用结算方式更为合理。
②统筹研发成本列支，减少企业税负。
“营改增”后主要考虑在满足企业所得税研发费加计扣除相关规定的基础上，在研发总金额不变的前提下，合理的调整成本结构比重，是否可以把能够抵扣进项税额的成本费用加大，不能抵扣的人工费用等适当降低等。
③确保对研发费用进行单独核算，防范研发费用无法加计扣除风险。
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